الطب الإسلامي واجه عدة عقبات في مسيرته، أولها المفاهيم الخاطئة عن الدين وأهله، حيث يُعتقد أن المتدينين الحقيقيين هم الزهاد المنفرون من الدنيا والمبالغين في الزهد. هذه المفاهيم أدت إلى تجاهل العديد من السنن النبوية التي تساهم في حياة صحية وسعيدة. ثانيًا، إهمال العلماء والخطباء لجانب النظافة والجمال، وعدم تقبل الناس لهذه المفاهيم بسبب الجهل أو الخوف من التجديد. ثالثًا، محدودية العلم الحديث وعدم دعمه الكامل للشرائع في بعض الجوانب، مما جعل الناس ينتظرون تأكيدات علمية قبل تطبيق بعض السنن مثل الحجامة.